Die Gründung der Ortschaft Emlinghausen fällt in die Zeit zwischen 850 bis 950 n. Chr. Damals entstanden kranzartig um das alte Siedlungsgebiet Flape/Hundem die Orte, deren Namen auf „-inghausen“ enden (wie auch: Bettinghof [Bettinghausen], Böminghausen, Würdinghausen).

Die urkundliche Ersterwähnung von Emlinghausen findet man in einem Zehntlöseregister der Familie Rump, Haus Wenne (Eslohe) aus dem Jahr 1279.

Das Dorf bestand im Mittelalter wohl nur aus einem Hof, der später geteilt worden ist.

Unweit des Abzweigs der Straße nach Kohlhagen findet sich eine Stelle, die durch zum Teil noch erhaltene Wälle und Gräben als ehemalige kleine Burganlage erkennbar ist. In der Heidschotter Jagdkarte von 1743 wird sie als „Borghoff“ bezeichnet, die südlich angrenzende Wiese als „Borgwiese“. Der fürstenbergische Rentmeister Johann Baptist Molitor bezeichnet die Stelle in einem 1751 angelegten „Lexiccon Schnellenbergo Furstenbergicum“ als freiadeligen Platz. Die Stelle könnte demnach auf einen früheren Adelssitz hinweisen, der im Laufe der Geschichte untergegangen ist. Nach Erwerb des Platzes durch die Familie von Fürstenberg wohnte hier zeitweise der fürstenbergische Jäger. Das Gelände ist als Bodendenkmal in die Denkmalliste der Gemeinde Kirchhundem eingetragen.

Im Zentrum des Dorfes gibt es die 1718 an Stelle eines Vorgängerbaus errichtete katholische Kapelle St. Laurentius. Sie ist als Baudenkmal in die Denkmalliste der Gemeinde Kirchhundem eingetragen. Zur Kapelle gehört ein Altarretabel von 1721, das aus der Werkstatt von Peter Sasse, Attendorn, stammt.

Emlinghausen gehört seit 1655 zur Pfarrei Kohlhagen. Von 1843/44 bis 1969 war es ein Ort in der politischen Gemeinde Kohlhagen im Amt Kirchhundem.

Am Ortsausgang in Richtung Flape erkennt man in der Talaue noch den Sammelteich einer früher hier betriebenen Sägemühle und Leimsiederei.

Zum 31.12.2020 hat Emlinghausen 29 Einwohner.